Powstał na początku XVIII w. na wzniesieniu – w zgodzie z tradycją judaistyczną. Ostatnich pochówków dokonano w latach 30. XX w. W latach 60. i 70. XX w. cmentarz zniszczono, wywożąc nagrobki wykonane ze szlachetnych materiałów i przeznaczając je na cele budowlane. Wiele grobów zostało rozkopanych w poszukiwaniu drogocennych rzeczy, jakie podobno mieli przy sobie zmarli.
W 2002 r. w ramach projektu „Przywrócić Pamięć” cmentarz został uporządkowany, a macewy wyczyszczone i ustawione. Postawiono tablice informujące o historii skwierzyńskich Żydów. Rok później obiekt zdewastowano. Niszczeje, gdyż na powtórną renowację brakuje pieniędzy.
Obecnie kirkut jest jedynym zachowanym fizycznym śladem wielowiekowego istnienia Żydów w Skwierzynie.