Muzeum jest oparte o wybitny walor historyczny w postaci Twierdzy Kostrzyn, ruin miasta, imponujących umocnień oraz wartości niematerialnych, jakimi są dziesiątki historii z tym miejscem związanych. Twierdza wzniesiona w latach 1537–68 przez znakomitych budowniczych włoskich była wybitnym osiągnięciem sztuki fortyfikacyjnej i architektonicznej. Od kilku lat staraniem władz miasta, władz muzeum, jak i społecznych entuzjastów Twierdza odzyskuje swój blask. By dopełnić wrażeń z wizyty, w Twierdzy należy zwiedzić ekspozycję Muzeum Twierdzy Kostrzyn znajdującą się w podziemiach dawnych kazamatów bastionu „Filip”.