Według ksiąg kościelnych pierwszy kościół w Zaborze został zbudowany na początku XVI w., niestety budynek został rozebrany, a w jego miejscu w latach 1905–08 wybudowano obecną świątynię.
Po zakończeniu II wojny światowej parafia w Zaborze przynależała do parafii św. Jadwigi w Zielonej Górze.